Schädliche Nebenwirkungen durch die Kernspintomographie konnten bisher nicht nachgewiesen werden.

Da die Röhre von manchen Patienten als relativ eng empfunden wird,  kann  Platzangst auftreten.

Metallene oder magnetische Gegenstände können die Untersuchung stören oder Schäden herbeiführen.

Patienten mit Herzschrittmachern oder elektrischen Pumpen können nicht mit einem Kernspintomographiegerät untersucht werden.